以便培养结果判定是否为菌群失调是不科学的,因为粪便中大约有500种左右的细菌,绝大多数为专性厌氧菌，包括双歧杆菌、乳杆菌、优杆菌、拟杆菌、消化链球菌等，也有少量的兼性厌氧菌、专性需氧菌和微需氧菌，如肠杆菌属细菌、肠球菌、葡萄球菌、酵母样菌等.这些细菌绝大多数是无法用常规的便培养方法(麦康凯和SS)培养出来的.要培养这些细菌需要十几种甚至几十种培养基，且鉴定过程复杂，耗时长(约2年左右).
目前多数以涂片,革兰染色后,通过显微镜观察细菌形态的方法估计菌群的状况.张秀荣主编. 人民军医出版社出版的《肠道菌群粪便涂片检查图谱》会有很大的帮助.
下面这段文字是对这一方法的简单介绍.
胃肠微生态学检测方法及临床意义
胃肠微生态系是人体微生态学的重要组成部分，了解其不同部位的微生态学状况，应采取不同部位的标本进行检验，可采用插管法和剖腹手术时采取标本，但由于采样方法繁琐，患者依从性差，一般不予采用。以粪便菌群作为评估胃肠道生态状况的指标，由于其标本易得，已成为目前普遍采用的方法。
事实上，粪便微生物群落的变化，是由微生物本身、宿主及宿主外环境等多种因素综合作用形成的，它并不是大肠以上各生态系的简单汇总，却又与各生态系菌群的变化有着千丝万缕的联系。粪便的微生物群落，在定性和定量上都是恒定的，不同年龄、不同饮食和不同种族均不会使其发生质的变化。只有当宿主处于病理状态时，尤其是发生胃肠道疾病时，才会使粪便菌群出现异常。
粪便干重的1/3~2/5由细菌组成，其数量巨大，种类繁多，大约有500种左右的细菌「1」。在常见的十几种细菌中，绝大多数为专性厌氧菌，包括双歧杆菌、乳杆菌、优杆菌、拟杆菌、消化链球菌等，也有少量的兼性厌氧菌、专性需氧菌和微需氧菌，如肠杆菌属细菌、肠球菌、葡萄球菌、酵母样菌等。
目前分析检测粪便中细菌数量和种类（也称为肠道菌群分析）的方法很多，总体可归纳为以下3大类。
1 培养法
此法将新鲜粪便直接接种于多种不同的培养基上，对生长出来的菌落进行鉴定（一般鉴定到种）。通过控制接种粪便重量的方法可以对肠道菌群进行定量培养。将每种细菌的数量与参考值进行比较，或计算B/E（双歧杆菌/肠杆菌）值，即可评估肠道菌群的状况。B/E值〉1表示肠道菌群组成正常，〈1表示肠道菌群失调，值越低失调越严重「2」。
由于粪便中的细菌种类繁多，即使仅培养有意义的细菌，也需要十几种甚至几十种培养基，且鉴定过程复杂，耗时长。因此，此种方法常用于肠道菌群方面的科学研究，而不适于临床常规检验「3、4」。
2 分子生物学方法
即使使用了最先进的培养方法，我们用光学显微镜直接观察到的细菌中，也有40%～80％是不能培养出来的，那么只能用分子生物学的方法证实其存在。
目前，在肠道菌群的研究领域，用于研究的新技术，如：16SrRNA基因的聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、脉冲场凝胶电泳、荧光原位杂交技术等「5、6」。
3 镜检法
镜检法是目前广泛采用的进行肠道菌群分析的方法，由于所需设备简单，操作简便，耗时短，很适宜临床应用。该方法是通过油镜观察革兰染色粪便涂片的菌群像，估计细菌总数、球菌与杆菌比例，革兰阳性菌与革兰阴性菌的比例，结合各种细菌的形态特点、有无特殊形态细菌增多等结果来综合判断菌群状况。
3.1粪便涂片的制作
取一洁净载玻片，在新鲜粪便上多处沾取标本，以30°~40°的角度，匀速推片于洁净的载玻片上，使其厚度与血膜相似。推片用后立即用清水冲洗，并置于消毒剂中消毒后，才可继续使用。
取标本时应注意粪便的颜色、性状，是否有膜状物，遇黏液便、胨样便或水样便，可用便签直接涂片或滴注涂片，涂片可稍厚。
3.2染色方法
革兰染色法，阳性菌染成紫色，阴性菌染成红色，合格涂片中阳性菌和阴性菌要对比鲜明。
3.3显微镜检查方法
观察菌群涂片时首先要计数细菌总数，这是肠道菌群是否处于平衡状态的一个重要指标。没有必要对细菌数进行准确计数，初学者可以先计数部分（如1/8视野）油镜视野中细菌的数量，再对整个视野进行估计，观察几个视野后取平均值。一般来说，每视野细菌数在501~5000个为正常，101~500个为轻微减少，11~100个为明显减少，10个以下为显著减少，也有高于5000的情况，但较少见，临床意义不大。细菌总数减少则与肠道菌群失调存在密切关系，应引起重视，并结合细菌类别构成等指标进行综合评估。
仅仅计数细菌总数并不能完全反映肠道菌群的状态，细菌种类及数量与粪便性状和胃肠道功能有着密切的联系，而且正常粪便中常见细菌的构成是基本恒定的，不受稀释和浓缩的影响。因此粪便中细菌类别构成是更有意义的指标。
由于通过涂片镜检的方法无法精确区分细菌种类，一般就细菌形态和染色性将细菌分为4大类，即革兰阳性杆菌、革兰阴性杆菌、革兰阳性球菌、革兰阴性球菌，通过计算4者的比例来评估肠道菌群的特征。
具体计数方法为：计数1000个细菌中各类细菌的百分率。可先计数部分视野中（如1/8视野）各类细菌数，然后估计全视野中的各类细菌数。
由于正常粪便中数量最多的细菌如双歧杆菌、乳杆菌、优杆菌、拟杆菌等均为革兰阳性杆菌，因此，革兰阳性杆菌在正常粪便中所占的比例最大，其次为革兰阴性杆菌。各类细菌随年龄改变会有一些变化，尤其是婴幼儿期，革兰阳性杆菌所占比例在出生后会逐渐增多，至半岁时达最高，以后逐渐下降。成人时期，革兰阳性杆菌与革兰阴性杆菌的比例约为3:1左右。革兰阳性球菌和革兰阴性球菌的量较少，只占总数的5%~20%。40 岁以后，阳性杆菌逐渐减少，阴性杆菌逐渐增多。60岁以后，两类细菌的数量趋向于接近，阳性杆菌只略多约5%~10%，此时阳性球菌和阴性球菌只占5%~15%的比例。详细的各年龄细菌比例参考值见表1「7」。
3.3.3特殊形态细菌
有时会在粪便菌群涂片中，看到一种非正常细菌明显增多，甚至占绝对优势，如酵母菌、葡萄球菌和艰难梭菌，这些菌是严重的假膜性肠炎和真菌性肠炎的病原菌，应引起高度重视。
3.4 结果报告方式及临床意义
肠道菌群的报告方式有2种，即比例法和分度报告法
以球菌与杆菌比例的方式报告，简称球杆比，参考值为1:3（成人）。也可直接报告“革兰阳性杆菌:革兰阴性杆菌：革兰阳性球菌:革兰阴性球菌”的比例（直接比例法），如60：34：5：1，参考范围见表1。
如结果在参考范围内，则表明菌群正常，如果球杆比＞1/3，表明菌群失调，比值越大，失调越严重，可出现比例倒置。菌群失调时，直接比例法的后2个或3个比值会升高，第1个比值下降，这种变化越严重，表明菌群失调越严重。
根据涂片中细菌的总数，菌群中细菌的构成比例，有无特殊形态细菌增多等情况，结合患者的年龄、粪便性状、使用抗生素状况等综合分析，将失调程度分为3度，具体参考标准见表2。
表2 菌群失调分度报告的依据（参考标准）
| 涂片结果 | 粪便外观 | 临床意义 | |
| Ⅰ度菌群失调症 | 细菌总数在正常范围，正常低值，或略有减少。革兰阳性杆菌在正常低值，革兰阴性杆菌多有增加，革兰阳性球菌在正常高值或略增多，类酵母样菌，梭菌未见或极少量。总之，仅是数量和比例轻度改变。 | 可以是正常成形软便，或不成形软便或稀便。 | 为潜伏型，较轻的菌群失调，临床症状不明显，可逆，即只要去除病因，不经治疗也能恢复。 |
| Ⅱ度菌群失调症 | 细菌总数明显减少或无明显改变，偶见部分病例细菌显著减少。革兰阳性杆菌明显减少；革兰阴性细菌明显增多，有时达90%以上，有的病例革兰阳性球菌增多（常见有葡萄球菌、链球菌），杆菌和球菌比例倒置（正常值约为75：25左右），类酵母菌或梭菌明显增多。总之，粪便菌群已有明显改变。 | 多为程度不等的稀便，也可为黏液便，水样便，脓血样便或柏油样便。 | 为局限型，中度的菌群失调，不可逆，不经治疗难以自然恢复。临床有慢性病的表现，如慢性肠炎，慢性痢疾，溃疡性结肠炎，肾盂肾炎等。Ⅱ度菌群失调需要积极治疗，协助患者恢复菌群平衡状态。 |
| Ⅲ度菌群失调症 | 细菌总数呈明显减少。粪便中原来的菌群大部分成员被抑制，只有一种细菌或真菌占绝对优势，最常见有葡萄球菌、白色念珠菌、致病性大肠杆菌、艰难梭菌，铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌等。总之，原菌群中的某一种少数菌成为菌群的绝对优势菌是Ⅲ度菌群失调症的主要特点，应同时做粪便细菌的分离和鉴定。 | 多为程度不等的稀便，也可为黏液便，常呈黄绿色或黑色，有时可见膜状物。 | 为弥漫型，严重的菌群失调，又称二重感染。主要表现急性腹泻与肠功能紊乱。由葡萄球菌和艰难梭菌引起的假膜性肠炎，真菌性肠炎可伴有电解质失衡、低蛋白血症，病情重或凶险。Ⅲ度菌群失调的病人必须及时积极治疗，挽救病人生命。 |
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