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【转帖】5.8s 16s 18s 26s 28s分别指什么?  

2012-06-30 23:30:45|  分类: 网络资源 |  标签: |举报 |字号 订阅

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核糖体RNA的沉降系数:“S”(沉降速度)这个单位是不能直接简单相加的,因为它代表沉降速度的度量而不是质量。每个亚基的沉降速度既受到其形状的影响,又受到其质量的影响。
原核细胞及真核细胞内共生体的70S核糖体中包含3种沉降系数不同的rRNA,其中30S核糖体亚基中包含16S rRNA,50S核糖体亚基中包含5S rRNA和23S rRNA。这3种rRNA在结构上有明显的不同。即原核生物中则含23S、16S和5S 三种rRNA。
  由于不同种的真细菌与古细菌间的16S rRNA基因(16S rDNA)是高度保守的,16S rRNA作为研究分类学和系统进化的分子受到很大重视,16S rRNA序列分析是当前对细菌进行分类学研究中较精确的一种技术。随着分子生物学的快速发展以及该技术在医学微生物研究中的应用,对16S rRNA作为微生物分类依据的研究也逐渐发展起来并已得到广泛认同。

真核生物80S核糖体中包含4种沉降系数不同的rRNA,其中,40S核糖体亚基(小亚基)中包含18S rRNA,而60S核糖体亚基(大亚基)中包含5S rRNA、5.8S rRNA和28S rRNA。即真核细胞核糖体中通常含28S、18S、5.8S和5S 四种rRNA;真核细胞中的18S rRNA是16S rRNA的同源RNA,其相对分子质量约为0.7 MDa,长度约为1900 nt。18S rRNA除了比16S rRNA稍长且多一些臂和环结构外,两者空间结构十分相似,在核糖体中起到的作用也基本相同。
所以就酵母而言,鉴定酵母菌株本身是需要进行18s鉴定,之所以酵母中同时出现了真核和原核的rRNA沉降系数,可能是因为该株酵母中含有共生体(线粒体,质体)。

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细菌rRNA按沉降系数分为3种,分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列,存在于所有细菌染色体基因中,它的内部结构由保守区及可变区两部分组成。其分子内存在的可变区,显示出细菌不同分类等级水平上的特异性。

16S rRNA(16S rDNA) 寡核苷酸的序列分析
首先, 16S rRNA 普遍存在于原核生物(真核生物中其同源分子是 18S rRNA )中。 rRNA 参与生物蛋白质的合成过程,其功能是任何生物都必不可少的,而且在生物进化的漫长历程中保持不变,可看作为生物演变的时间钟。其次,在 16S rRNA 分子中,既含有高度保守的序列区域,又有中度保守和高度变化的序列区域,因而它适用于进化距离不同的各类生物亲缘关系的研究。第三, 16S rRNA 的相对分子量大小适中,约 1 540 个核苷酸,便于序列分析。因此,它可以作为测量各类生物进化和亲缘关系的良好工具。分离菌株 16S rRNA 基因的分离较为简单。从平板中直接挑取一环分离菌株细胞 , 加入 100μL 无菌重蒸 H 2 O 中 , 旋涡混匀后 , 沸水浴 2min, 12 000r min -1 离心 5min, 上清液中即含 16S rRNA 基因,可直接用于 PCR 扩增。分离菌株 16S rRNA 基因的 PCR 扩增和序列测定的一般步骤为: 16S rRNA 基因的 PCR 引物: 5'-AGAGT TTGAT CCTGG CTCAG-3' ; 5'-AAGGAGGTGA TCCAG CCGCA-3' 。扩增反应体积 50 m L ,反应条件为 95 ℃预变性 5min , 94 ℃变性 1min , 55 ℃退火
1min , 72 ℃延伸 2min ,共进行 29 个循环, PCR 反应在 PTC-200 型热循环仪上进行。取 5 m L 反应液在 10g L -1 的琼脂糖凝胶上进行电泳检测。 PCR 产物测序可由专门技术公司完成。测序得到 分离菌株 16S rDNA 部分序列,此序列一般以 *.f.seq 形式保存,可以用写字板或 Editsequence 软件打开,将所得序列通过 Blast 程序与 GenBank 中核酸数据进行比对分析 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast ) ,具体步骤如下:点击网站中 Nucleotide BLAST 下 Nucleotide-nucleotide BLAST [blastn] 选项,将测序所得序列粘贴在“ search ”网页空白处,或输入测序结果所在文件夹目录,点击核酸比对选项,即“ blast ”,然后点击“ format ”,计算机自动开始搜索核苷酸数据库中序列并进行序列比较,根据同源性高低列出相近序列及其所属种或属,以及菌株相关信息,从而初步判断 16S rDNA 鉴定结果。遗传距离矩阵与系统发育树构建,可采用 DNAStar 软件包中的 MegAlign 程序计算样本间的遗传距离。由 GenBank 中得到相关菌株的序列,与本研究分离菌株所测得序列一起输入 Clustalx1.8 程序进行 DNA 同源序列排列,并经人工仔细核查。在此基础上,序列输入 Phylip3.6 软件包,以简约法构建系统发育树。使用 Kimura 2-parameter 法,系统树各分枝的置信度经重抽样法( Bootstrap )500 次重复检测, DNA 序列变异中的转换和颠换赋于相同的加权值。
 
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